Arkivet inneholder protokoller fra kolerasykehusene som ble opprettet i forbindelse med koleraepidemien i 1848-49: i Christi Krybbe fattigskole, i logen ”Den gode Hensigt” sin trebygning på Engen og i ”Sukkerhuset”, også det på Engen. For hvert av de tre sykehusene ble det ført en protokoll over alle innlagte pasienter. Protokollene inneholder følgende opplysninger: pasientenes løpenummer, navn, alder, bolig, "Borgerlig Stilling", når innkommet, når utskrevet evt. død, samt anmerkninger vedr. sykdommens vesen, symptomer, årsak, spredning, behandling m.v. De tre protokollene er tilgjengelige på Digitalarkivet.