Embetet som generalauditør kan spores tilbake til 1.5.1646, da Henrik Morian fikk bestalling av stattholderen i stillingen. Først fra 1680 og senere finnes imidlertid fullstendige lister over generalauditørene. En alminnelig instruks for generalauditørene i Danmark og Norge ble ikke utstedt før 27.4.1720, i Norge gjort gjeldende fra 25.12.1730. Generalauditøren var øverste militære påtalemyndighet. Dessuten hadde han fram til 1824 overoppsynet med den militære skifte- og auksjonsforvaltning samt overformynderi. Han skulle føre tilsyn med auditørene ved de forskjellige militæravdelingene. Mellom 1814 og 1825 skulle han også ta seg av hærens intendanturforretninger. Fram til 1814 sto generalauditøren direkte under øverstkommanderende for Hæren; etter 1814 var han også ansvarlig for øverstkommanderende for Marinen. Embetet ble avskaffet ved lov 3.8.1900.