Etter innsettelsen av de kommisariske statsråder 25.9.1940 overtok Nasjonal Samling ledelsen av Statsrådsekretariatet id et generalsekretæren i NS, Rolf Jørgen Fuglesang, overtok som sjef. Ved en forordning av 2.10.1940 bestemte rikskommisær Terboven at Statsrådsekretariatet skulle innlemmes i det nyopprettede Innenriksdepartementet. Men dette ble i praksis ikke gjort. Statrådssekretariatet skulle ta seg av behandlingen av fellessaker for statsrådene og formilde forbindelsen med NS. Videre skulle det registrere og kunngjøre alle forordninger og behandle spesielle oppgaver som ikke falt inn under arbeidsoppgavene til de kommisariske statsrådene. Da Quisling var blitt ministerpresident i 1942, ble Statsrådssekretariatets arbeidsoppgaver noe endret. Sekretariatet skulle også føre regjeringsprotokollene og kunngjøre lover, beslutninger m.m. Det skulle også føre kontroll med avleggelse av embetsed og motta regjeringens post. Ved Gulbrand Lundes død i 1942, overtok Fuglesang Kultur- og folkeopplysningsdepartementet og Finn Thrana overtok som sjef for statsrådsekretariatet. 26.11. samme år ble forøvrig stillingen omdøpt til regjeringssekretær uten at det fikk noen innvirkning på antall gjøremål. Ved siden av statsrådssekretariatet opprettet Quisling sin egen administrasjon - Førerens og ministerpresidentens kanselli. Arkivet etter dette organet er samlet i katalog 1213/05 og blir ikke omtalt nærere her.