Kontoret ble opprettet i henhold til lov 9.6.1903 om statskontroll med skips sjødyktighet og og ble organisert i henhold til kgl.res. 8.7. s.å. som Sjøfartskontoret i Handels- og industridepartementet. Sjøfartskontoret utgjorde fram til 1906 departementets Sjøfartsavdeling og ble kalt 1. kontor, 1. avdeling, Skipsavdelingen og Skipskontoret. Etter lovendring i 1913 ble kontoret omorganisert og plassert utenfor departementet som Sjøfartsdirektoratet. I 1926 ble direktoratet ved departementsvedtak igjen innlemmet i departementet og fikk navnet Sjøfartskontoret. I 1962 ble det på nytt etablert et frittstående sjøfartsdirektorat og departementets Sjøfartskontor ble dermed nedlagt. Sjøfartskontoret hadde sin administrative forankring i følgende departementer: Handels- og industridepartementet 1903-1913, Handels- og industridepartementet 1926-1940, Sjøfartsdepartementet 1940-1944, Næringsdepartementet 1944-1945, Handels og industridepartementet 1945-1947, Industridepartementet 1947-1955, Handelsdepartementet 1955-1962. Sjøfartskontorets, og seinere Sjøfartsdirektoratets, arbeidsfelt var langt på vei fastsatt av sjødyktighetsloven. Den hjemler bestemmelser om skipskontroll i sin alminnelighet, hvilke fartøyer som skal kontrolleres, hva kontrollen skal bestå i, hvilke instanser som skal utføre den og avslutningsvis en mer utførlig anvisning av hvilke forhold det skal føres tilsyn med. Kontrollen skulle gjelde alle fartøy som var registreringspliktige etter "Lov om Registering af Skibe" fra 4. mai 1901 og kontrollen skulle omfatte "ethvert Forhold som betinger eller kan innvirke på et Skibs Sjødyktighet". Den egentlige kontrollvirksomheten skulle utføres av Skipskontrollen, Sjøfartskontorets ytre etat, ved hjelp av lokale skipsinspektører (den tilbakevirkende kontroll) og besiktigelsesmenn, sjøkyndige og teknisk kyndige (den forebyggende kontroll). Klasseselskapet Det norske veritas skulle etter nærmere avtale også utføre besiktigelser og kontroller og det samme gjaldt konsuler i utlandet. Konsulens særlige plikter i forhold til handelsflåten ble seinere hjemlet i instruks utferdiget 24. juli 1906. Alle tjenestemennene i Skipskontrollen hadde plikt til å innrapportere til departementet om begivenheter og forhold som kunne være av interesse og betydning for skipsfarten. Departementets oppgave var å gi årlige sammendrag og beretninger samt statistiske oversikter over større sjøulykker og angi mulige årsaker til disse. Loven har foruten bestemmelser om saksgang i forbindelse med sjøulykker, besiktigelse og tilbakeholdelse av skip, spesielle bestemmelser om skip innkjøpt fra utlandet, krav til maskineri og kjeler, anordninger på og under dekk, redningsredskaper, skipsinstrumenter, skipsdagbøker og dagboksutskrifter, proviant, vann og lysoljer. Videre om lastens mengde, beskaffenhet, stuing og forsyning, betingelser for å kunne føre dekkslast, lasting av korn, lasting av stenkull, lasting av farlig gods og inntak av ballast, skipsmannskapet og dets arbeidstid og avslutningsvis også egne bestemmelser for passasjerskip. En del av de arbeidsoppgavene som tillå kontoret, vandret mellom ulike sjøfartsadministrative enheter både i og utenfor departementet. Sjøfartskontoret hadde i perioder disse oppgavene (tidangivelse fra Statskalenderen): Emigrantkontrollen (1905), tilsyn med emigrantskip (1906-1913), kontrollen med hermetikkfabrikker (1907-1910, 1912-1913, 1927-1938), hyretariffer (1935-1940), isobservasjoner i det nordlige Atlanterhav (1931-1947), kostholdsreglement for skip (1907-1909, 1912-1913, 1927-1947), medisinforsyning på skip (1907-1910), nasjonalitetsbeviser (1905), Norsk sjøulykkesstatistikk (1927-1947), proviant på skip (1910, 1912-1913), redningsbelønninger (1905, 1935-1947), redningsekspedisjoner (1935-1936), redningsvesenet (1927), utgivelse av Register over Norges handelsflåte (1927-1933), sertifikater (1908-1913).