Den første kirken i Altafjorden stod på Årøya og ble vigslet i 1696. Det meste av inventaret i denne ble flytta til den nye kirken som ble oppført i Talvik i 1704-1705. Alta hørte opprinnelig med til Talvik prestegjeld. Ved kgl.res. 25. februar 1857 fikk imidlertid Alta egen kirke og ble et sjølstendig sokn. Alta og Talvik ble så delt i to prestegjeld ved kgl.res. 27. september 1862 og Alta fikk et eget sokneprestembete. Alta hovedkirke ligger ved Bossekop på fjordens østside. I henhold til kgl.res. 27. september 1862 ble gården Myrbakken innkjøpt til embetsgård. Et kapell på Elvebakken stod ferdig i 1963 og ble vigslet 23. august 1964.