Norsk Finnemisjon ble stiftet 28.2.1888. Johannes Nilssøn Skaar (1828-1904) regnes som Finnemisjonens far. Han var biskop i Tromsø i tiden 1885-1893. Ved stiftelsen av Norsk Finnemisjon ble retningslinjene trukket opp av Skaar, J.K.Qvigstad og N. Ursin. Først ved styremøte 31.12.1892 ble "Grunnreglene for Norsk-Finnemisjon" vedtatt. Misjonen så det som sin viktigste oppgave å komme samene til hjelp i deres åndelige nød, å opplyse og vekke, og å føre så mange som mulig til et bevisst trosliv. Det var derfor viktig å få i gang predikantvirksomhet. En annen viktig oppgave for misjonen var å utgi samiske skrifter. En av de første oppgaver ble å utgi bibelen på samisk. Det nye tetstamentet på samisk var kommet ut i 1840. Det gamle testamente var ikke utgitt på samisk. I 1895 fikk Norsk Finnemisjon utgitt hele bibelen på nordsamisk. Norsk Finnemisjon bidro til et betydelig tilskudd til kristelig litteratur på samisk i 1890-årene. Det ble også utgitt en månedlig avis: Sami Ustib. Denne ble utgitt i Tromsø 1899-1903. Norsk finnemisjon drev også skoler, skolehjem, vanførehjem, barnehjem, syke- og gamlehjem. Etter århundreskiftet ble det stiftet flere foreninger som drev misjonsarbeide blant samene. I 1909 ble det avholdt et møte der sammenslutning ble drøftet. Det ble ikke enighet om sammenslutning. I 1910 oppstod derimot en ny landsorganisasjon. Den nye organisasjonen fikk navnet Det norsk-lutherske Finnemisjonsforbund, ofte kalt Finneforbundet. I begynnelsen av 1920 årene tok man opp tanken på sammenslutning med Norges Finnemisjon og sammenslutningen ble vedtatt på generalforsamling i Bergen sommeren 1925. Det ble bestemt at navnet på den nye organisasjon skulle være Norges Finnemisjonsselskap. Mange av misjonens institusjoner gikk tapt under krigen. I 1966 ble det vedtatt å gi organisasjonen navnet Norges Samemisjon. Norsk Finnemisjon hadde fra opprettelsen hovedsete i Tromsø. Generalforsamlingen vedtok i 1916 at hovedkontoret skulle flyttes til Trondheim.