Opprinnelig var Lenvik annekssokn til Ibestad (Astafjord) prestegjeld. Ved reskript 5.1.1759 ble Lenvik slått sammen med Hillesøy til et nytt prestegjeld der Lenvik ble hovedsokn. Hillesøy hadde tidligere tilhørt Trondenes, men var blitt utskilt som selvstendig prestegjeld ved anordning 28.12.1731. Ved kgl.res. 22.2.1853 ble Målselv utskilt fra Lenvik og slått sammen med Bardu som eget prestegjeld - med Målselv som hovedsokn. Beboerne i Målselv hadde da allerede hatt egen kirke i lengre tid, jfr. kgl.res. 11.1.1820. Det ble bygget ny kirke for Lenvik hovedsokn på Bjorelvnes etter kgl.res. 12.5.1877. Hillesøy sokn ble etter krigen betjent av en hjelpeprest. Fra 1952 ble hjelpepresten konstituert som kallskapellan. Med virkning fra 1.7.1956 ble kallskapellanen i Lenvik residerende kapellan. Ved kgl.res. 7.12.1962 ble det bestemt at Hillesøy kommunes del av Kvaløya og øyene nord for Hekkingen skulle gå inn i Tromsø bykommune. Den delen av Hillesøy som lå på Senja med øya Hekkingen skulle overføres til Lenvik kommune - ifølge kgl.res. 11.1.1963. Kgl. resolusjoner 14.6.1963 bestemte at disse endringene skulle gjennomføres fra 1.1.1964. Men i kirkelig henseende skulle den delen av Hillesøy som ble slått sammen med Tromsø bykommune inntil videre høre med til Lenvik prestegjeld som et eget sokn. Resten av Hillesøy skulle gå inn i Lenvik sokn. Ved kgl.res. 27.8.1965 ble et Kvaløy soknekall under Tromsø domprosti opprettet. Det nye prestegjeldet omfattet Hillesøy sokn i Lenvik (dvs. den nordre delen av det opprinnelige Hillesøy sokn) og deler av Tromsøysund sokn og prestegjeld. Kgl.res. 22.2.1853 overførte Engenes, Grebstad, Sandvik, Buvik og Torsnes fra Tromsø prestegjeld til Hillesøy sokn i Lenvik prestegjeld. Kgl.res. 29.3.1862 overførte Flatnes, Malnes, Hollendernes, Grindnes samt Øvre og Nedre Kjerresnes fra Lenvik til Målselv sokn og prestegjeld. Kgl.res. 26.3.1870 overførte Ytre og Indre Navaren fra Lenvik til til Malangen sokn i Balsfjord prestegjeld.