Da Sarpsborg ble brent av svenskene i 1567, ble byen flyttet til Glommas utløp og fikk navnet Fredrikstad. Byen gjorde krav på den tidligere kjøpstad Sarpsborgs jorder i henhold til privilegier av 17.04.1572 og 29.09.1579. En tvist med Borregårds eiere ble avsluttet ved reskript 06.06.1766 som bestemte at den tidligere by Sarpsborgs jorder lå under Fredrikstads jurisdiksjon. Moss hørte (i hvert fall fra 1671) under Fredrikstad magistrat, men også byfogden i Fredrikstad hadde en viss jurisdiksjon over Moss. Moss er sjelden nevnt i Fredrikstads protokoller i de siste decennier av det 17. årh., og 10.08.1720 fikk Moss sin egen byfogd. Reskript 05.03.1825 overførte flekken Gleng (Sarpsborg) til landdistriktet ( Moss fogderi). Ved kgl. res. 24.05.1862 ble det opprettet et eget politimesterembete for byen, og nå skiltes bl.a. politiforretningene ut fra byfogdens gjøremål. Kgl. res. 21.12.1962 bestemte at gnr. 68-69, Olveng og Gansrød i Borge, samt de høytliggende sjøområdene sør for Øra med Hestholmen, Langøya, Løvøya og Store Fret - da under Torsnes - skulle overføres til Fredrikstad. Etter kgl. res. 05.04.1963 skulle overføringen skje fra 01.01.1964. Kong. res. 07.07.1967 regulerte grensen mellom Fredrikstad og Onsøy slik at gnr. 7 og 36-39 gikk inn i byen. Kgl. res. 23.11.1962 bestemte at Glemmen skulle slås sammen med Fredrikstad. Kgl. res. 14.06.1963 bestemte sammenslåingen til 01.01.1964. Ved kgl. res. 02.02.1979 ble det vedtatt opprettelse av en ny Fredrikstad byrett. Den skulle omfatte Fredrikstad, Hvaler, Kråkerøy, Onsøy og Rolvsøy. Fredrikstad byfogdembete og Onsøy sorenskriverembete ble nedlagt.