Etter lov om fengselsvesenet av 13.10.1857, ble landet delt inn i fengselsdistrikter. Det ble opprettet ett eller flere distriktsfengsler i hvert distrikt. Stat og kommune skulle bære hver sin del av kostnadene. Disse nye fengselsdistrikter skulle overta de eldre fengslene innen sitt distrikt. Omleggingen tok noen år, og for Fredrikstads vedkommende ble distriktsfengslet opprettet ved kgl.res. 31.12.1864, underlagt politimesteren i Fredrikstad. Ved kgl.res. 06.12.1904 ble Distriktsfengslet i Fredrikstad omgjort til større hjelpefengsel, med virkning fra 01.04.1916. Ifølge Justisdepartementets skriv av 06.12.1916, ble det omgjort til midlertidig kretsfengsel, fremdeles under politimesteren i Fredrikstad. Fra 01.01.1920 hjelpefengsel. 01.04.1962 ble det igjen kretsfengsel, hele tiden med politimesteren som bestyrer. I okkupasjonsårene ble det i tillegg til kriminelle, også innsatt fanger for patriotisk virksomhet av de tyske myndigheter. Etter rettsoppgjøret ble fengselet brukt for landssvikfanger, samtidig som det også da var ordinært fengsel. Etter å ha innført inndeling i søndre-, østre-, vestre- og nordre fengselsdistrikt med virkning fra 1966, kom Fredrikstad kretsfengsel under østre fengselsdistrikt. Hvert distrikt var under ledelse av en fengselsdirektør. Kretsfengslet i Fredrikstad fikk direktøren for Oslo kretsfengsel som distriktsdirektør. I kretsfengslene satt personer som skulle sone kortere fengselsstraff enn 6 måneder. Men de kunne også ta inn varetektsfanger, heftefanger, og menn som var idømt militærarrest. Det offisielle navnet var fra 01.01.2001: Kriminalomsorgen Fredrikstad fengsel. Samtidig ble den gamle kretsinndeling forlatt, og Fredrikstad fengsel plassert under Region øst (Oslo og Østfold).