Vardø eldste kirke ble innviet i 1307. I Reformatsen 1589 er Vardø nevnt som eget prestegjeld med annekssoknene Kiberg og Vadsø. Fra 1685 var dessuten Makur (Makkaur) annekssokn i Vardø. Soknepresten bodde i Vardø til 1694, da Vadsø kirke ble hovedkirke. Fra da av var Vardø med Makur et residerende kapellani under Vadsø inntil det ble utskilt som selvstendig sokneprestembete i 1771. Ifølge kgl.res. 3. desember 1819 skulle Vardø igjen legges under Vadsø, som annekssokn. Vardø ble atter eget soknekall i 1849 (kgl.res. 7. mai 1849). Prestegjeldet bestod av to sokn: Vardø by (øya) og Vardø landsokn. I 1968 ble Hamningberg, Syltefjord og Båtsfjord skilt ut som eget prestegjeld under navnet Båtsfjord. Resten av det gamle landsoknet ble liggende under Vardø. Kgl.res. 7. september 1934 gav tillatelse til å vigsle Makkaur skolekapell. Dette var en kombinert skole- og kapellbygning som var oppført i fiskeværet Makkaur.