Forsvarets Overkommando ble opprinnelig opprettet ved kgl.res. 18.5.1940, men nedlagt ved kapitulasjonen i Nord-Norge 10.6.1940. Ved kgl.res. 6.2.1942 ble Forsvarets Overkommando gjenopprettet. Sjefen for den øverste fagmilitære kommandomyndighet ble samtidig utnevnt til midlertidig forsvarssjef. Instruks for Forsvarssjefen og nye instrukser for forsvarsgrenene ble fastlagt ved kgl.res. 24.9.1943. Operative oppgaver skulle behandles i Overkommandoen, mens administrative saker i alminnelighet skulle gå direkte fra Forsvarsdepartementet til den berørte våpengren og omvendt. Med visse modifikasjoner gjaldt denne arbeidsdelingen fram til frigjøringen. Forsvarets Overkommando fikk som hovedoppgave å arbeide med alle viktige aspekter i forbindelse med gjenerobringen av Norge. Den skulle være et bindeledd mellom den militære motstandsbevegelsen hjemme og de allierte, først og fremst britene. Andre viktige oppgaver var etterretningstjenesten rettet mot Norge og tilrettelegging av norsk militær informasjonstjeneste i forbindelse med operativ virksomhet på norskekysten. I desember 1942 ble Forsvarets Overkommando delt i følgende kontorer: 1. kontor - administrative spørsmål, 2. kontor - etterretning og sikkerhet, 3. kontor - planlegging av operasjoner og organisasjonsspørsmål, 4. kontor - Hjemmefrontens oppgaver og militære innsats, 5. kontor - tilrettelegging av militær informasjonstjeneste, 6. kontor - oppgaver i forbindelse med militært samband. Lenge før Forsvarets Overkommando ble opprettet i 1942, hadde Stockholm vært base for etterretning og sabotasjevirksomhet mot Norge. Denne virksomheten ble nå underlagt henholdsvis 2. kontor og 4. kontor i London, vanligvis forkortet til FO II og FO IV både i arkivsammenheng og i faglitteraturen.Militærkontor II og IV, forkortet til MI II og MI IV, var Stockholms-filialer av disse kontorene. Forsvarets Overkommando ble avviklet 1.8.1946.