Opprinnelig lå Lyngenområdet som et "missionariat" under Karlsøy kapellani i Tromsø prestegjeld. Reskript av 18.1.1776 opprettet Lyngen som eget prestegjeld. Kgl.res. 8.8.1865 bestemte at Sørfjord annekssokn skulle overføres fra Karlsøy til Lyngen prestegjeld. Overføringen ble gjort gjeldende fra 1.1.1867 (jfr. kgl.res. 9.6.1866), og dermed hadde prestegjeldet altså to sokn. Ifølge kgl.res. 15.8.1911 ble Hatteng skolehus tillatt vigslet til kapell for Storfjord distrikt. Kgl.res. 21.6.1929 delte Lyngen hovedsokn i tre sokn: Kåfjord, Storfjord og Lyngen. Til prestegjeldet hørte også fortsatt Sørfjord sokn, som 1.10.1937 fikk navnet Ullsfjord (kgl.res. 16. 7.1937). I 1960-årene ble så Ullsfjord overført til Tromsøysund prestegjeld. Ved kgl.res. 2.6.1978 ble Kåfjord sokn utskilt fra Lyngen som eget prestegjeld. Skibotn bedehus i Storfjord sokn ble innviet 5.3.1930. Mindre endringer: - Ved reskript av 3.5.1811 ble gårdene Nordmannvik, Hammervik og Djupvik overført fra Skjervøy til Lyngen prestegjeld. - Kgl.res. 7.10.1874 bestemte at gården Kilen skulle overføres fra Lyngen til Balsfjord prestegjeld fra 1.1.1875. - Kgl.res. 7.4. bestemte at gården Jøvik skulle overføres fra Lyngen til Sørfjord sokn fra 1.1.1889.