Kautokeino ble eget pastorat i 1673. Ved grensetraktaten med Sverige i 1751 tilfalt pastoratet Norge, bortsett fra den delen som lå øst for Tanaelva. Kautokeino hadde før 1751 svensk geistlig betjening. Kautokeino prestegjeld omfattet også Afjuvarra, senere kalt Karasjok. Ved reskript av 19. juli 1793 ble soknepresten i Kautokeino fritatt for ansvaret for finnene i Porsangerfjorden. Han skulle heller konsentrere seg om finnene i Afjuvarra eller Karasjok som hørte til hans egentlige prestegjeld. Ifølge reskript av 19. mars 1813 skulle Kautokeino (og Afjuvarra) soknekall slås sammen med Kistrand til ett prestegjeld. Denne ordningen varte til 1851 da det ble bestemt at Kautokeino skulle skilles ut fra Kistrand og bli eget prestegjeld (kgl.res. 30. januar 1851). Karasjok fortsatte å ligge under Kistrand ennå en tid. 1. april 1991 ble Kautokeino prestegjeld en del av det nyopprettede Indre Finnmark prosti etter tidligere å ha tilhørt Alta prosti. Kgl.res. 19. juli 1927 gav tillatelse til å bygge et kapell på Masi.