Kontoret ble opprettet i Sjøfartsavdelingen 1906 under navnet 2. kontor. Det ble også kalt 2. sjøfartskontor, 2. avdeling, Sjømannsavdelingen, Sjømannskontoret og Refusjons- og arvekontoret. Hovedarbeidsfeltet, som kom fra Utenriksdepartementet, var velferdstiltak for sjømenn i utenriksfart. Kontoret hadde dessuten ansvaret for dispasjørvesenet (1906-1934), kontrollen med hermetikkfabrikker (1911), kostholdsreglement for skip (1910-1911), proviant og medisinforsyning på skip (1911), nasjonalitetsbeviser (1906-1913), redningsbelønninger (1906-1934), sjøassuranseselskapers statutter (1906-1909, 1912-1913), skipsregistreringsvesenet (1906-1913), stuertskoler (1906-1913), utgivelse av «Norges skipsliste» (1908-1913) og «Årbok for den norske handelsmarine» (1908-1913), mønstringsvesenet (1917-1924), sjøfartslovgivning, legater og fond, traktatforhold vedrørendesjøfarten, krigsforsikring av skip (1917-1934), tvister på skip i utlandet, tøyerstatning, sjømenns lønns- og arbeidsforhold (1927-1939).