Lappefogden i Øst-Finnmark ble opprettet i 1968 gjennom en deling av Lappefogdembetet for Finnmark i en østlig og en vestlig del. Med reindriftsloven av 1978 ble reindriftsforvaltningen omorganisert. Det ble opprettet områdestyrer og lappefogdene endret navn til reindriftsagronomer og fungerte som sekretærer for styrene. Reindriftsagronomen i Øst-Finnmark endret i 1990 navn til Reindriftskontoret i Øst-Finnmark og i 1996 navn til Reindriftsforvaltningen Øst-Finnmark. Fra og med 2014 ble områdestyrenes myndighet overført til fylkesmennene, og Reindriftsforvaltningen Øst-Finnmark ble en avdeling hos Fylkesmannen i Finnmark (fortsatt lokalisert til Karasjok).