Kontoret ble opprettet ved kgl. kunngjøring 17.11.1818. Sekretariatet A, benevnt slik til 1851, omfattet i de første årene (inntil 1824) hele departementets saksområde med unntak av medisinalvesenet. Allmueskolevesenet og seminarene blespaltet ut i en egen protokoll- og pakkerekke D fra 1827. I en kortere periode, 1829-1834, sorterte disse skolesakene under Sekretariatet for det benefiserte gods B, for deretter å gå tilbake til A-Sekretariatet. Skolevesenet (unntatt de lærde skoler) og fattigvesenet (dratt inn under journal D fra 1843) med egen journal og arkivrekke D ble bestyrt under Medisinalkontoret M 1843-45, men da dette ble overført til Indredepartementet fra 1846, kom disse sakene til å bli behandlet i en egen kontoravdeling(D)innen Sekretariatet. Skole- og fattigkontoret ble endelig utskilt medegen byråsjef i 1851, og Sekretariatet ble fra da av benevnt «Kontoret for Geistlighed og Kirkevæsen», fremdeles med journalbokstav A. Samtidig ble også Universitetet og de lærde skoler overført til D-kontoret, og saker om opprettelse av sparebanker ble overført til Finansdepartementet (kgl.res. 12.5.1851). Av senere viktige endringer i saksområdet kan nevnes at saker vedrørende Den alminnelige enkekasse, livrenteselskaper m.v. (fra Finansdepartementet 1846) gikk over til det nye Fattigkontoret F i 1866. Det samme gjaldt avholdsreformen og navnebevillinger i 1867. Nasjonalgalleriet og statsstipendier til kunstnere, forfattere og vitenskapsmenn hørte likeledes under Kirkekontoret fram til 1866; de ble da overtatt av Skolekontoret D. Bestyrelsen av Fisketiendefondet ble flyttet til 1. fondskontor G 1891. Arkivvesenet og museumssaker hørte til A-kontoret fram til 1898 (overtatt av 1. skolekontor D), og enkelte minnesmerker som Eidsvollminnet helt fram til 1915. Byggesakene vedkommende prestegardene hørte til Kirkekontoret fram til 1893, se under Prestegardskontoret.Kirkekontoret fungerte også som et slags felles administrasjonskontor for hele departemen