Hvert tollsted var lenge en enhet for seg og sorterte direkte under sentrale myndigheter. Etter opprettelsen av tolldistrikter ved kgl. res. 08.12.1821 skulle Risør tollsted underlegges Arendal tolldistrikt, men gikk inn i et eget Risør tolldistrikt i tidsrommet 1837-1871. Deretter ble tollstedet tilbakeført til Arendal tolldistrikt, som fra 01.05.1912 gikk inn i Kristiansand tolldistrikt. Underliggende tollstasjoner: Lyngør tollstasjon.