Ifølge Reformatsen av 1589 bestod det området som dag dekker Troms fylke av to prestegjeld: Trondenes med fjorten kirker og ni prester, og Tromsø med åtte kirker og fire prester. Ved reskript av 18. januar 1776 ble Karlsøy, Lyngen og Skjervøy utskilt som egne prestegjeld. Kgl.res. 22. februar 1853 overførte gårdene Engenes, Grebstad, Sandvik, Buvik og Torsnes fra Tromsø prestegjeld til Hillesøy sokn i Lenvik prestegjeld. Ifølge kgl.res. 18. oktober 1856 skulle både Balsfjord med Malangen og Tromsøysund bli selvstendige soknekall. Det skulle tilsettes prest i Tromsøysund når Tromsø sokneprestembete ble ledig. Kgl.res. 10. november 1860 bestemte at delingen av Tromsø prestegjeld skulle settes i verk. Tromsøysund fikk egen prest i 1861. Den nye soknepresten som ble ansatt i Tromsø i 1861, fikk også tittelen stiftsprost. Samtidig med opprettelsen av stifts-prostiet opphørte Tromsø prestegjeld å være en del av Tromsø prosti. Tromsø stiftsprosti skiftet navn til Tromsø domprosti ifølge kgl.res. 19. mai 1922. I 1963 ble Tromsøysund prestegjeld overført fra Troms prosti til Tromsø domprosti. I slutten av 1970-årene skjedde det samme med Karlsøy. Det ble bygget ny kirke i Tromsø i 1801-1802 og den ble innviet i 1803. Denne kirken ble i 1861 revet og flyttet sør for bygrensen hvor den ble gjenoppført som kirke for Tromsøysund menighet. Den nåværende Tromsø domkirke ble vigslet 1. desember 1861.