Værøy prestegjeld besto i 1589 av Værøy hovedsokn og Røst anneks. Presten skulle reise til Røst 4 ganger i året og da holde gudstjeneste 4 søndager på rad. Reisene skulle gjøres ved mikkelsmess, påske, pinse og olsok. Sokneinndelingen har senere vært uendret. Ved kgl.res. 4.6.1937 ble det tillatt å bygge en kirke på gården Sørland i Værøy sokn etter arkitekt Harald Sunds plan.