Bolsøy og Kleive hørte i 1589 til Veøy prestegjeld. Ved reskript 18.11.1740 ble Bolsøy, Molde og Kleive utskilt fra Veøy som et "aparte pastorat". Molde med Reknes hospitalskirke ble utskilt fra Bolsøy som eget prestegjeld ved kgl.res. 12.1.1858. Gården Sotnakken ble ved kgl.res. 24.7.1876 overført fra Nesset prestegjeld til Kleive sokn, regnet fra 1.1.1877. Ved kgl.res. 2.5.1896 ble gårdene på fastlandet på sørsida av Fannefjorden fradelt Bolsøy sokn og gitt navnet Røvik sokn. Med hjemmel i kgl.res. 26.4.1963 ble Mordal krets fra 1.1.1964 overført fra Nord-Aukra sokn til Bolsøy sokn i Bolsøy prestegjeld. Fra 1.2.1970 ble Vågstranda og Holm sokner i Veøy prestegjeld overført til Grytten prestegjeld, mens resten av Veøy prestegjeld kom inn under Bolsøy prestegjeld. Fra 1.4.1970 ble de områdene av Bolsøy sokn som lå vest for den tidligere bygrensa, dvs. eiendommene gnr 21-23 og 131-135, overført til Molde prestegjeld. Fra 1.1.1981 ble grensa mellom Molde og Bolsøy sokn/prestegjeld regulert ved en rett linje fra østligste grense mellom Glamox og Bolsønes Verft ved Fannestrandvegen og opptil det punktet der Fuglsetbekken krysser Frænavegen. Derfra følger grensa Fuglsetbekken fram til Fuglsettjørna og derfra i rett linje til toppunktet Såta i grensa mot Fræna kommune.