Hirdens flykorps sorterte organisasjonsmessig og disiplinært under Hirdsjefen, men faglig under Trafikkdepartementet ved Statens luftfartsstyre. Flykorpset var ledet av en korpsfører utnevnt av partiets fører og øverste hirdsjef. Under ham sorterte landsstaben og distriktsorganisasjonene. Korpsførerens stab var inndelt i avdelinger.