Menigheten ble opprettet 29.05.1880 (som følge av byutvidelsen i 1877). Menighetsgrensene gikk fra bygrensen ved Hovinveien, langs Sørligata, Jens Bjelkes gate, østkanten av Den botaniske have, Trondheimsveien fra enden av Lakkegata til Helgesens gate, Verksgata, Fagerheimgata og så i nordlig retning til bygrensen. Ved kgl.res. 28.09.1897 ble det fastsatt at grensene skulle følge Heibergs gate fra bygrensen, Tøyengata, Jens Bjelkes gate, Vahls gate, Herslebs gate til Schous plass, Toftes gate, Helgesens gate, Teglverksgata, Verksgata, Fagerheimgata og så i nordlig retning til bygrensen. Området nærmest Tøyenparken ble i 1907 lagt til Tøyen småkirkemenighet. Et lite område mellom Toftes gate og Kirkegårdgata ble skilt ut som Matteus menighet i 1916, men denne menigheten ble nedlagt igjen i 1938, og området ble delt mellom Petrus, Grønland og Jakobs menighet. Kronprinsreg.res. 30.11.1956 opprettet Lilleborg menighet fra 07.07.1957 av bl.a. deler av Petrus menighet. Petrus menighet skiftet navn til Sofienberg menighet 01.03.1962. Ved nedleggelsen av Jakob menighet, kgl.res. 29.06.1984, ble områder lagt til bl.a. Sofienberg menighet.