Sentraladministrasjonen for den sjømilitære etat ble med en fellesbetegnelse kalt Sjøetaten (til forskjell fra Landetaten). Under denne myndighet hørte alle flåtestyrker, mannskaper og sjømilitære installasjoner og verksteder i Danmark-Norge. Mens Norge fra 1640-årene hadde en nasjonal hær ledet av en kommanderende general, var flåten inntil 1807 et fellesanliggende for begge riker. Et admiralitetskollegium ble opprettet allerede i 1655. Slik Sjøetaten etterhånden ble organisert, falt arbeidsfeltet i to hovedområder. Det unge enevelde benyttet fra 1673 både Admiralitetskollegiet, som foresto personell- og kommandoforhold og justis, og Sjøetatens (General)kommissariat, som administrerte innrullering, mønstringer, lønninger og forsyninger, og som førte regnskap. (General)kommissariatet synes også å ha revidert regnskaper, iallfall for norske sjømilitære installasjoner og institusjoner. Denne arbeidsdeling forble et karakteristisk trekk ved den øverste sjømilitære forvaltningen gjennom visse perioder. I andre perioder forente man funksjonene ved å slå sammen arbeidsfelter og kontorer. Sjøkrigskanselliet ble opprettet i 1735 og virket som et sekretariat for Sjøetaten. Tross svakere stabilitet i organisasjon forble Sjøetaten sterkere sentralisert enn Landetaten. Den sistnevntes arbeidsfelt var fordelt på sentrale organer lokalisert til hovedstaden og på underordnede myndigheter plassert rundt om i dobbeltmonarkiet. Derimot var både marinens sentrale organer og deres arbeidsfelt samlet i København (flåtestasjonen på Bremerholm). Dette trekk ved Sjøetaten var særlig karakteristisk for Danmarks vedkommende. I Norge ble det opprettet en egen stasjon for fellesflåten i Fredriksvern (Stavern) i 1750-årene. De mange forordningene som endret Sjøetatens organisasjon, har ikke i tilsvarende grad satt spor i arkivet. Mange rekker synes å fortsette uavhengig av administrative omlegginger av ressortområder og kontorer. Denne karakteristikk gjelder også det overførte materialet, i den utstrekning dette kan gi noe inntrykk av kontorsammenheng.