Karlsøyområdet lå under Tromsø prestegjeld til det ble utskilt som selvstendig prestegjeld ved reskript av 18. januar 1776. Reskriptet fastsatte at også Helgøy anneks skulle overføres til Karlsøy så snart Tromsø sokneprestembete ble ledig. Karlsøy prestegjeld bestod av to sokn - Karlsøy og Helgøy - til 1860. Ved kgl.res. 11. juli 1860 ble Karlsøy sokn delt i to sokn: Karlsøy hovedsokn og Sørfjord annekssokn. Preste-gjeldet bestod nå altså en stund av tre sokn. Men allerede ved kgl.res. 8. juli 1865 ble hele Sørfjord sokn overført fra Karlsøy til Lyngen prestegjeld. Flere av beboerne i Sørfjord hadde da alt søkt Lyngen kirke i flere tiår, jfr. reskript av 3. desember 1813. (Sørfjord endret navn til Ullsfjord den 1. oktober 1937, kgl.res. 16. juli 1937, og ble i 1960-årene overført fra Lyngen til Tromsøysund prestegjeld.)