Tanken om et museum for Nord-Norge kan følges tilbake til 1840-årene. Komiteen for fylkesutstillingen i Tromsø besluttet 16.10.1872: "Der oprettes paa Tromsø et Museum for Tromsø Stift". Dette regnes som datoen for opprettelsen av Tromsø Museum. De 22 første år hadde museet tilhold i leide lokaler. I 1894 stod museets første bygning i Muségata ferdig. Her holdt samlingene og personalet til fram til 1961 da nybygget i Folkeparken ble innviet. Styret hadde 7 medlemmer. Eiendomsforholdet til institusjonen ble organisert som en museumsforening, med varierende antall medlemmer, fra 10 i 1872 til 185 i 1923. I 1949 skjedde en del endringer. Øverst kom nå Tromsø Museums Råd med 11 medlemmer utpekt av staten, de nordnorske fylkene, Svalbard, Tromsø by, Museumsforeningen og museets personale. Rådet valgte blant sine medlemmer ut styret, som hadde et særlig ansvar for økonomien. Statsbidrag utgjorde fra starten av over 50 % av museets inntekter. Fylkene, kommunene og private bidro med resten. Statens bidrag vokste til 95 % i 1972. Den 1.1.1976 ble museet en del av Universitetet i Tromsø, og dermed rent statlig. Museets formål var å drive såvel forskning som folkeopplysning innenfor naturvitenskap og kulturhistorie vedrørende Nord-Norge og tilstøtende arktiske strøk. En av de viktigste oppgave er innsamling og oppbevaring/preparering av gjenstander og annen dokumentasjon. Det har vært drevet en utstrakt forskning, og resultatene er presentert i utstillinger og trykksaker, samt ved undervisning av forskjellig slag, bl.a. i skolen. Samlingene/avdelingene ved museet har vært organisert i to seksjoner. Under den naturhistoriske seksjon lå i 1972: Geologisk avdeling med den seismografiske stasjon, Botanisk avd., Zoologisk avd., Marinbiologisk avd. med akvarium. Under den kulturhistoriske seksjon lå: Arkeologisk avdeling med myntsamlingen, Samisk-etnografisk avd., Nyere kulturhistorisk avd. m/folkemusikksamlingen.