I 1589 nevnes Skjøtningberg prestegjeld med kirke i Skjøtningberg. Senere (mellom 1668 og 1683) ble det bygget kirke i Kjøllefjord og fra 1720 kalles prestegjeldet Kjøllefjord prestegjeld. Sværholt kirke omtales første gang i 1668. Sværholt var opprinnelig anneks til Kjelvik, men ble ved reskript av 2. oktober 1720 lagt til Kjøllefjord prestegjeld. I 1730-årene ble kirkene i Sværholt og Skjøtningberg revet. Den sistnevnte ble flyttet til Tana hvor den ble ombygget til kapell i 1736. Tana kapellsokn hørte også med til Kjøllefjord prestegjeld. Det ble bygget ny kirke i Kjøllefjord omkring 1736. Det var også en kirke i Omang. Etter at kirken her brente i 1775, ble Omang regnet som en del av Kjøllefjord sokn. Ca. 1718 ble det satt opp et kapell i Lebesby som ble gjort til anneks i 1720. Ved kgl.res. 1819 ble Lebesby hovedsokn. Prestegården i Kjøllefjord ble samme året revet og flyttet til Lebesby. Kapellet i Lebesby ble erstattet med en ny kirke som ble innviet i 1834. Ved kgl.res. 31. januar 1846 ble Tana kapelldistrikt skilt ut fra Lebesby og gjort til anneks under det nyopprettede Nesseby prestegjeld. Kgl.res. 16. november 1861 bestemte at Gamvik, den østlige delen av Kjøllefjord sokn, skulle legges til det nyopprettede Tana prestegjeld fra 1. juli 1862. Etter siste krig ble det bygget ny prestebolig i Kjøllefjord. Ny kirke ble innviet i 1951.