Kontoret ble opprettet i Sjøfartsavdelingen i Handels- og industridepartementet i 1906 med navnet 2. kontor. Det ble også kalt 2. avdeling (1908-1909) og Sjømannsavdelingen (1910-1913). Kontoret ble overført til Utenriksdepartementet i 1913 og inngikk i Sjøfartsavdelingen der sammen med det nyopprettede Skipskontoret. Fra da av var benevnelsen Sjømannskontoret. I 1917 ble kontoret tilbakeført Handels-og industridepartementet sammen med resten av Sjøfartsavdelingen. I 1927 ble Sjøfartsavdelingen nedlagt og kontoret overført Den alminnelige avdeling i departementet. Året etter skiftet navnet til Refusjons- og arvekontoret. I 1939 ble det foretatt en todeling av kontoret i Refusjons- og arvekontor I og Refusjons- og arvekontor II. Fra oktober 1940 ble disse kontorene underlagt det nyetablerte Sjøfartsdepartementet. Etter at dette departementet ble nedlagt sommeren 1944, ble de to refusjons- og arvekontorene slått sammen til Sjømannskontoret i Sjøfartsavdelingen i Næringsdepartementet. I 1945 ble det igjen en todeling av kontoret, nå i 1. og 2. sjømannskontor. Begge kontorene hørte med i Sjøfartsavdelingen i Handels- og industridepartementet fram til 1947. Deretter ble de overført til det nye Industridepartementet sammen med resten av Sjøfartsavdelingen. I 1955 ble Sjøfartsavdelingen og alle dens kontorer underlagt Handelsdepartementet.Ved en større omlegging av sjøfartsadministrasjonen i 1961/62 ble 1. og 2. sjømannskontor nedlagt og arbeidsfeltene overført til Sosialavdelingen i Direktoratet for sjømenn. Ved etableringen i 1906 fikk Sjømannskontoret overført en del saksområder fra Utenriksdepartementet og Sjøfartskontoret. Arbeidsfeltet omfattet etter hvert skipsregistreringsvesenet, utferdigelse av midlertidige nasjonalitetsbeviser, redningsbelønninger, stuertskoler, tilsyn med passasjerdampskip, dispasjørvesenet, godkjenning av sjøassuranseselskapers statutter, sjøfartslover og sjøfartslovgivning, hjemsendelse av hyrebeløp og sparepenger fra norske sjømenn og arbeidere i utlandet, forpleining i utlandet og hjemsendelse av syke, forliste og nødstilte sjømenn, befatning med etterlatenskaper etter norske sjømenn som var døde i utlandet, ettersøkning etter norske sjømenn i utlandet, sjømannshjem i utlandet, Robins legat, fondet av inneholdte sjømannsmulkter, utgivelse av Norsk skipsliste og Årbok for den norske handelsmarine, hyrekontraktsforhold, bestyrelse av statens sjømannsfond, Carnegies heltefond for Norge, krigsforsikringen, A/S Norsk varekrigsforsikringsfond, traktatforhold angående sjøfarten, Handelsdepartementets mellomregnskap med de utenrikske stasjoner (=sjømannsakreditivene), sjømenns hyre-, bidrags- og familietrekk, Det norske innskudds- og trekkontor under avvikling, Sentraltrekkontoret for sjømenn, syke- og ulykkestrygd for sjømenn i utenriksfart, bidrag til sjømannshjem og hospitaler i utlandet, "konsulatpassasjerer" etter sjøfartslovens § 34, jfr. kongelig plakat 5. juni 1908.