Mysen videregående skole er resultatet av at fire skoler etter hvert har blitt en skole. Den første videregående skolen på Mysen var Østfold småbruksskole, som ble etablert i 1918, og som senere fikk navnet Haga jordbruksskole. I 1922 opprettet Jørgen Bakke en kommunal middelskole på Mysen, og den fikk i 1927 eksamensrett. På 1930-tallet utviklet middelskolen seg til høyere allmennskole; dvs. middelskole + gymnas. Gymnaset fikk eksamensrett etter 2. verdenskrig. På 1930-tallet startet Jens Høie privat handelsskole på Mysen. Den ble senere overtatt av det offentlige, og ble i 1975 slått sammen med det som da var blitt Indre Østfold gymnas, til Indre Østfold videregående skole. Rett etter 2. verdenskrig ble Østfold kvinnelige husflidskole etablert på Mysen. Den ga opplæring i søm og veving. Skolen ble utvidet med nytt bygg på 1960-tallet, og den fikk i 1975 både nytt navn, Heggen videregående skole, og nye tilbud, også det som følge av den nye loven om videregående opplæring. Etter hvert kom det også gutter inn på den skolen. I 1990 ble Haga jordbruksskole avsluttet som egen skole, men grunnkurstilbudet ble opprettholdt som et tilbud på Indre Østfold videregående skole. I 1991 bestemte fylkestinget at de to videregående skolene på Mysen skulle slås sammen; dette ble effektuert i 1992, og den nyetablerte skolen fikk navnet Mysen videregående skole. Den sammenslåtte skolen ligger i det såkalte "Gymnaskvartalet" i Mysen sentrum, men har hele tiden hatt filialer, bl.a. på Susebakke, og Sorenskrivergården.