Skodje og Vatne lå i 1589 under Borgund prestegjeld og ble eget prestegjeld fra 1.5.1858 etter kgl.res. 12.1.1858. Hesseberg (gnr 1 bnr 1-3) ble ved kgl.res. 29.10.1915 overført fra Skodje sokn og herred til Borgund sokn og herred. Som en følge av kgl.res. 20.12.1963 ble øya Dryna og Vatne kommunes område på Miøy fra 1.1.1965 overført fra Vatne sokn i Skodje prestegjeld til Sør-Aukra sokn i Aukra prestegjeld. Ved kgl.res. 18.3.1966 ble Vatne sokn i Skodje prestegjeld sammen med fastlandsdelen av Haram prestegjeld opprettet som eget prestegjeld mens Skodje sokn ble overført til Ørskog prestegjeld slik at Skodje og Vatne prestegjeld ble nedlagt.