Arbeidet med lensarkivet omfattet bl.a. oppsporing i Riksarkivets Localia-samling av 1500-1600-tallsdokumenter som i sin tid var tatt ut av lens- og amtsarkivet i Stavanger. Det ble derfor naturlig å la lensarkivet omfatte hele tidsperioden fram til 1680 selv om lensarkivet formelt skulle ha vært avsluttet i 1665 ved opprettelsen av amt i Norge. Arkivet var opprinnelig samlet hos lensherren på Stavanger Kongsgård. Arkivet var satt sammen av lensherrens administrative arkiv og arkivsaker lagt til forvaring hos han. Noen av disse arkivene ble overlevert lensherren for arkivering i henhold til befalinger i egne Kongebrev. Dette gjaldt arkivene til sorenskriverne og lagmannen i Stavanger. Disse er tatt ut og plassert i egne arkiver. Andre ble levert i henhold til lokale omstendigheter og hensynet til sikring. Det gjaldt deler av fogdenes, stiftsskriverens og Borgermester og råds arkiv. Borgermester og råds arkiv ble ordnet etter en egen designasjon og er plassert til slutt i lensarkivet. Rettsprotokollene fra byen ble registrert i lensarkivets designasjon, men er plassert i Byfogdarkivet for Stavanger. I 1674 ble arkivet gjennomgått og ordnet. Dette arbeidet resulterte i en oversikt over hele arkivet. Disse kalles designasjoner. Ved Stavanger amt ble den registerform som ble skapt i 1674 videreført på slutten av 1600-tallet og anvendt både på 1700- og 1800-tallet. Lensarkivet omfattes av innholdet i de tre første designasjonene. Ved arkivordningen i 1674 ble enkeltdokumenter nummerert og lagt kronologisk i nummererte konvolutter. Noen dokumenter i en konkret sak eller dokumenttype er lagt i samme konvolutt med egen nummerering. For å holde fast på kronologien ble konvoluttseriene brutt for å legge inn protokoller og omfattende enkeltdokumenter. Dette førte til at det ble opprettet tre konvoluttserier. Det mangler mange enkeltdokumenter som er fjernet fra arkivet gjennom årene. Flere dokumenter synes å være tapt allerede på 1600-tallet. Disse er merket med "fattes".