I 1589 hadde Aukra prestegjeld 7 kirker og kapell. Aukra og Vågøy kirker hadde prest sammen, Bud og Hustad hadde en residerende kapellan, og Harøy, Sandøy og Ona kirker skulle "betienes aff en domestico sacellano". Bud og Hustad ble eget prestegjeld ved reskript 21.2.1755. Ved reskript 23.3.1798 ble Ramsvik og Hogset overført fra Aukra til Vatne sokn i Borgund prestegjeld. Kapellene på Sandøy og Harøy ble revet etter reskript 7.4.1809, og det ble bestemt at det skulle bygges kirke og innrettes kirkegård på Sandøy for begge kapellkirkelydene. Ved kgl.res. 22.9.1859 ble Vågøy annekssokn fradelt og gjort til eget prestegjeld med navnet Fræna. Otterøy sokn (Sør-Aukra) ble opprettet ved kgl.res. 16.6.1877 med kirke på Uglvik. Soknepresten pliktet etter kgl.res. 7.4.1906 å møte to ganger i året på Harøy hjelpekirkegård i Sandøy sokn for å forette jordfesting. Ved kgl.res. 24.2.1922 ble gnr 27-44 fra 1.7.1922 overført fra Aukra hovedsokn til Otterøy sokn. Soknenavnene Aukra og Otterøy ble ved kgl.res. 5.10.1923 endret til Nord-Aukra og Sør-Aukra. Ved kgl.res. 24.2.1933 ble det gitt tillatelse til å bygge Harøy kapell på Korsbakken kirkegård. Harøy kapell skulle ha 10 gudstjenester årlig. Med hjemmel i kgl.res.26.4.1963 ble Mordal krets fra 1.1.1964 overført fra Nord-Aukra sokn til Bolsøy sokn i Bolsøy prestegjeld. Som følge av kgl.res. 20.12.1963 ble øya Dryna og Vatne kommunes område på Miøy fra 1.1.1965 overført fra Vatne sokn i Skodje prestegjeld til Sør-Aukra sokn i Aukra prestegjeld. Med samme hjemmel og fra samme tid ble Haram kommunes område på Harøya (Myklebustområdet) med øyene vestenfor (Uksnøy, Storholmen m.fl.) overført fra Fjørtoft sokn i Haram prestegjeld til Sandøy sokn i Aukra prestegjeld. Ministerialbok 1808/09-1817 mangler. Klokkerbok 1890/92-1894 mangler.