Den første tiden i London var hver enkelt avdeling i departementet arkivskapende. I 1941 ble det opprettet en sentralisert arkivordning for hele departementet. Arkivmaterialet fra de tidligere avdelingene ble ordnet på nytt og innlemmet i nytt fellesarkiv. Dette gjaldt imidlertid ikke Etterretningskontorets saker. Kontoret forble en egen arkivskapende enhet. Dessuten hadde man fortsatt i departementet et eget H(emmelig)-arkiv og andre særarkiver, f.eks. arkiver etter utvalg og kommisjoner. Avviklingskontoret fikk også sitt eget arkiv. I hvert fall i fellesarkivet ble all innkommende post fotografert. Noe av originalmaterialet er nok deretter blitt kassert. Også senere er deler av materialet - uvisst hvor mye - kommet bort. Riksarkivets arkiver etter Forsvarsdepartementet under krigen, medregnet særarkiv og utvalgsarkiv, utgjør 46 hyllemeter og dekker perioden 1940-1946. De består av: - Fellesarkivet 1940-1945 - H-arkivet (hemmelig arkiv) 1940-1945 - Etterretningskontorets arkiv 1940-1945 - Luftattacheen, general Steffens` arkiv 1940-1941 - «Sverige-arkivet» 1943-1945 - Avviklingskontorets arkiv 1945-1946 - Krigsdekorasjonskanselliets arkiv 1940-1945 - Regjeringsutvalgets arkiv 1943-1945 Fellesarkivet er på 28 hyllemeter. For det meste er det emneordnet og lagt i fortløpende nummererte mapper. Dessuten finnes her en del arkivfilm. H-arkivet er på 4 hyllemeter. Det er hovedsakelig emneordnet og lagt i fortløpende nummererte mapper. H-sakene ble ført i journalen til Forsvarsdepartementets fellesarkiv, men uten at innhold ble oppgitt. Etterretningskontorets arkiv er på 2 hyllemeter. Det er et emneordnet saksarkiv med materiale om militære og politiske forhold i Norge og om forholdet til motstandsbevegelsen. Luftattacheen London/Ottawa, general Steffens´arkiv er på 2 hyllemeter. Det inneholder stort sett gjenparter av skriv fra Forsvarsdepartementet, Utenriksdepartementet, legasjonen i Washington og andre institusjoner ti