Arkivet for magistraten ble oppbevart i rådhuset. Det gamle rådhuset brente i den store bybrannen i 1681, og en mengde arkivsaker gikk også tapt. Nytt rådhus ble bygd i årene 1702-1705 samme sted som tidligere, på hjørnet av Kongens gate og Kjøpmannsgata (nå i bruk som en del av folkebiblioteket). Også brannen i 1708 gikk ut over rådhuset og arkivene. By- og rådstueskriver Hveding foreslo i 1743 for magistraten å innrede et brannsikkert rom i rådhuset til byens protokoller og papirer, slik at "deslige protokoller kunde konserveres og ikke som i forrige tider ved ulykkelig ildsvaade staa i fare for at forkomme". Byens eligerte menn henviste til konjunkturene og de knappe tider, og fant det "ei tjenlig at byen med denne udgift kan bebyrdes". De foreslo isteden å søke om å få bruke et hvelv i Domkirken eller i Kongsgården. Sakene ble liggende i rådhuset, men uten det spesialbygde arkivrommet Hveding ønsket seg. Conrad Nicolai Schwach beskrev i 1848 forholdene i Trondheim byarkiv i ganske negative former. Sakene lå på mørkeloftet over rådstua, "deels i Bundter og Pakker henslængt, deels i Kasser og Kister nedstuvet". Han mente at disse "måskee indeholder Et og Andet til Oplys-ning om Byens Fortidshistorie i flere Retninger, men formedelst Uorden, Støv og Mørke er det aldeles utilgjængeligt". Disse arkivsakene omfattet både magistratsarkivet og by- og rådstueskriverens arkiv. Da Stiftsarkivet i Trondheim ble opprettet i 1850, var dette arkivet noe av det første den nye arkivaren Dominicus Nagel Bech fikk hentet inn i arkivbygningen på Kristiansten. 26. mai 1851 meldte han til Riksarkivaren at 20 vognlass arkivsaker var hentet fra Rådhuset. Bech hadde i all den tid han hadde hatt med arkivsaker å gjøre, ikke sett noe som var i dårligere orden enn dette, skrev han. Delvis var dokumentene "henkastede saa at sige Blad for Blad paa et mørkt Loft i store Kasser - hvoraf Enkelte endog paa det nærmeste udgjorde et Læs". Det fantes ingen registratur over arkivet. Dokumentene var delvis samlet i pakker, forsynt med påskrift som ofte "ikke i mindste Maade svarer til deres Indhold". Dette skulle komme av at "… et Par underordnede Betjente, der for en 20 til 30 Aar siden skulde foretage en Slags Ordning af disse Sager, blot pakkede dem sammen og gave Pakkerne Paaskrift uden Hensyn til Indholdet.". Bech fikk protokoller og pakker stilt opp i reoler "efter deres forskjellige Brancher". Det som lå løst i kasser var like mye som det som var samlet i pakker, og Bech anså dette for like verdifullt materiale. 4. mars 1852 meldte Bech at oppstillingen av magistrats- eller rådstuearkivet var fullført så godt det lot seg gjøre, i kronologisk orden etter de forskjellige embetsautoriteter. På grunn av at arkivet hadde vært i stor uorden gjennom flere menneskealdre, må en hel del dokumenter være gått tapt og særlig en del av det eldste materialet var skadet. Bech kom ikke lenger med ordningsarbeidet, da han døde allerede i november 1853. Den neste arkivaren, Wilhelm Bøgh, tiltrådte sommeren 1854. Etter Bech fant han noen håndskrevne summariske fortegnelser over de mottatte arkiver, blant annet rådstue- eller magistratsarkivet. Denne lista finnes i Bechs etterlatte papirer i Statsarki¬vet, privatarkiv 30, boks 1. Bechs liste gikk fram til pakke nr. 99. Det ble laget en seddelkatalog over magistratsarkivet, bygd på Bechs ordning og oppstilling av det. Bechs liste omfattet de 99 første pakkene, seddelkatalogen ble ført fram til pakke nr. 140, i tillegg ble det skrevet sedler på en del unummererte pakker. Fremdeles var det imidlertid en del av arkivet som det ikke fantes sedler på. Dette ble etter hvert grovordnet, men noe ble også liggende i "haug" inntil ordning igjen ble startet på 1990-tallet. Seddel-katalogen fungerte som inngang til arkivet inntil den foreliggende katalog ble utarbeidet.