Inndelingen av Kanselliet i departementer som skulle behandle og ekspedere saker innenfor sitt ansvarsområde, fikk konsekvenser for arkivet. De regionalt inndelte kopibøkene over kongebrev ble erstattet av én kopibok for hvert departement, registranten. Riksarkivet får registrantene for 3. departement 1800-1814 (Danske Magasin). Bilagene til kopibøkene - for Norge tidligere kalt Norske innlegg - skiftet navn til kanselliinnlegg. I Riksarkivet har vi pakkeserier med Kanselliinnlegg for 1., 3. og 4. departement. Her finner vi foruten saksdokumenter også konseptene til kongebrev (før 1800 i seriene Norske åpne brev ogNorske missiver). Riksarkivet får også en rekke med Underskrivelsesbøker 1800-1814 for 3. departement (Danske Magasin), som inneholder kronologiske fortegnelser over kongelige ekspedisjoner underskrevet av kongen eller ad mandatum av de deputerte. Til forskjell fra registrantsakene ble brevsakene - eller kansellibrevene som de også blir kalt - ført inn i egne brevbøker.Riksarkivet får brevbøkene 1800-1814 for 3. departement (Danske Magasin). Pakkeseriene Kansellibrev inneholder norsk materiale fra 1., 2., 3. og 4. departement. Også for perioden 1800-1814 finner vi en serie Henlagte og uavgjorte saker (i Riksarkivet for 1. og 3. departement). Før 1800 var sakene arkivert etter henleggelsesdato, etter 1800 er de lagt etter emne og journalnummer. I 1799 opphører føringen av supplikkbok og gratialprotokoll. I stedet ble det nå i hvert departement ført journaler og ekstraktprotokoller. I journalen ble alle innkomne brev gitt et journalnummer samt en kort saksekstrakt og notat om behandling og ekspedisjon. I 3. departement blir journalene betegnet resolusjonsprotokoller. Riksarkivet får resolusjonsprotokollene for 3. departement 1800-1814 (Danske Magasin). Ekstraktprotokollen erstattet supplikkboka som grunnlag for referat av sakene i kansellikollegiet. Riksarkivet får ekstraktprotokollene 1800-1814 for 3. departement (Danske Magasin). Riksarkivet får o