Kgl.reskr. 08.02.1671 regner opp 4 stift- eller hovedamt og 8 underliggende amt i Norge. Her nevnes Fredrikstad og Smålenenes amt. 04.10.1671 ble Erik Banner utnevnt til amtmann i det nye amtet. Jurisdiksjonsgrensene adskilte seg fra det senere Østfold fylke på den måte at byene hørte til stiftamtet, samt at Heggen og Frøland fogderi hørte til Akershus amt. I 1768 ble det bestemt at Heggen og Frøland halvfogderi skulle gå fra Akershus amt til Smålenene. Kgl.res. 16.03.1815 la også byene inn under amtmannen. Fra 01.01.1919 endret embetet navn til Østfold fylke.Fra 1.1.1919 ble betegnelsen amt erstattet med fylke og benevnelsen amtmann med fylkesmann (lov nr. 1 av 14 august 1918). Ved endringer i fylkeskommuneloven av 13.6.1975 ble det bestemt at det i hver fylkeskommune skulle være en fylkesrådmann, og fylkesmannens funksjoner som administrativ leder av fylkeskommunen ble dels lagt til fylkesordføreren, dels til fylkesrådmannen. Fra 1.1.1976 har fylkesmannen ikke lenger noe med fylkeskommunens administrasjon å gjøre. Arbeidsoppgavene er knyttet til tilsyn av kommuner og fylkeskommuner, samt til forskjellige oppgaver i hht. lov, planleggings- og utbyggingsoppgaver, forurensningssaker, frilufts- og naturvernsaker og beredskapsoppgaver. Fra 1.9.1982 ble miljøvernavdelingene lagt til fylkesmannsembetet og utgjorde Miljøverndepartementets ytre apparat i fylkene med arbeidsoppgaver innen naturvern, friluftsvann, vann, avløp, renovasjon og forurensningsspørsmål, vilt og ferksvannsfisk. Fra 1.7.1993 inngikk fylkeslandbrukskontorene, jordbruks- og skogbruksetaten, i fylkesmannsembetene som en egen fagavdeling for landbruk, landbruksavdelingen. Avdelingen ble organisert i to seksjoner; en for jordbruk og en for skogbruk. Fylkesmannsembetet ble utvidet fra 1.1.2003 ved innlemning av statens utdanningskontorer og fylkeslegekontorer.Statens utdanningskontor i Østfold inngikk fra dette tidspunktet som utdanningsavdelingen, og fylkeslegekontoret som helseavdelingen hos fylkesmannen. Fra 1.7.2012 ble helsetilsynet i fylket integrert på lik linje med andre fagområder i fylkesmannsembetet. Fylkesmannen ble med dette felles klage- og tilsynsinstans innen både barnevern-, sosial-, helse- og omsorgstjenesten. Fra 1.7.2013 ble fylkesmannen ny lokal vergemålsmyndighet ved å overta ansvaret og oppgavene som tidligere lå hos de kommunale overformynderiene.