Det sivile veterinærvesenet var opprinnelig en gren av medisinalbestyrelsen under Justisdepartementet. I 1890 ble veterinærvesenet overført til Indredepartementet, der det ble bestyrt av en overlege, som fra 1895 fikk tittelen Veterinærdirektør. Ved opprettelsen av Landbruksdepartementet i 1900 ble veterinærvesenet overført dit. Sentrale saksområder var det sivile veterinærvesenet, offentlige tiltak mot smittsomme husdyrsykdommer, kjøttkontroll og innførsel av husdyr. Fra 1930 fikk Veterinærkontoret saker vedrørende Veterinærinstituttet og Veterinærhøyskolen, fra 1940 også saker etter lov om dyrevern. I Landbruksdepartementet ble det opprettet et eget Veterinærkontor med Veterinærdirektøren som sjef. Etter departementsordningen av 1940 ble Veterinærkontoret overført til Innenriksdepartementet. Etter krigen ble det tilbakeført til Landbruksdepartementet. Fra 1946 ble navnet endret til Veterinærdirektoratet. I 1952 ble direktoratet delt i et faglig og et juridisk kontor, men det ser fortsatt ut til å ha vært felles arkivtjeneste. Ved omorganiseringen av departementet i 1976 ble Veterinærdirektoratet nedlagt samtidig som det ble opprettet en egen Veterinæravdeling. Avdelingen eksisterte fram til departementsstrukturen ble endret på midten av 1990-tallet. I årene 1996-2003 sorterte veterinærsakene under Avdeling for matproduksjon og helse og fra 2004 under Avdeling for matpolitikk.