Ved omorganiseringen av departementene i 1940 ble Medisinalavdelingen overført fra Sosialdepartementet til Helseavdelingen i Innenriksdepartementet. Den sentrale forvaltning av helsevesenet ble fordelt på sju kontorer. Det enkelte kontor fikk dermed et mer begrenset arbeidsområde enn tidligere. Kontorordningen ble beholdt ved opprettelsen av Helsedirektoratet i 1945. I perioden 1941-1960 skjedde det bare mindre endringer i kontorstrukturen.