Fylkeslegen skal på Sosialdepartementets og Helsedirektoratets vegne føre det overordnede tilsyn med helsevesenet i fylket, og tjene som ledd i kommunikasjonen mellom sentrale og lokale helsemyndigheter. Fylkeslegen har en rådgivende funksjon overfor kommunelegene, og kan delta på helserådsmøter. Han er fylkesmannens sakkyndige i helsespørsmål, og utarbeider planer og budsjetter for fylkets helsetjeneste. Han deltar også i fylkestingets behandling av saker som angår helsevesenet. I tillegg sitter fylkeslegen i fylkets helsenemnd (i Finnmark med formannsvervet) som behandler saker etter lov om folketrygd. Plikten til å føre overordnet tilsyn med fylkets helsevesen innebærer blant annet at fylkeslegen må holde seg orientert om fylkets innbyggeres helsetilstand og forhold som har betydning for denne, slik som boligforhold, renovasjon, drikkevannsforsyning, kosthold, tannrøkt og hygiene. Andre tilknyttede oppgaver er inspeksjon av distriktslegenes, nå kommunelegenes, virksomhet og oppsyn med fylkets sykehusvesen samt rekruttering av helsepersonell. Frem til 1919 var betegnelsen på embetet Amtslege. Fylkeslegen i Finnmark ble fra 01.01.2002 innlemmet i Fylkesmannen i Finnmark.