Marinedepartementet ble opprettet ved kgl. kunngjøring 17.11.1818 og erstattet da det tidligere 7. departement for sjømilitæretaten. Havne- og kanalvesenet, som tidligere hadde hørt inn under 5. departement, ble også lagt inn under det nye departementet. Det samme gjaldt karantenevesenet, som tidligere ikke hadde hørt inn under noe departement. Ifølge instruksen for den norske regjering 11.10.1825 skulle Marinedepartementet ta seg av alt som angikk flåtens vedlikehold og forsyninger. Departementet skulle sørge for sjøetatens providering og gasjering. Under det hørte alle sjømilitære undervisningsanstalter, statens skipsverft, alle økonomiske anliggender vedrørende sjømilitære befestninger og anlegg, sjøetatens understøttelses- og pensjonsfond, sjøinnrulleringen, los-, fyr-, havne-, kanal- og karantenevesenet. Uten at det ble nevnt i noen instruks eller kunngjøring, kom også statens befatning med navigasjonssaker: bestemmelser om hvem som kunne bli skippere, maskinister og styrmenn, krav til navigasjonseksamen, statsbidrag til sjømannsskoler m.m. til å høre inn under Marinedepartementet. Den første tiden besto Marinedepartementet av tre kontorer: Sekretariatet, fra om lag 1832 kalt Ekspedisjonssekretærens kontor, Revisjonskontoret, i 1822 overført til Revisjonsdepartementet, og Bokholderkontoret, opprettet i 1815, nedlagt i 1824 og gjenopprettet i 1837. Ved kgl.res. 6.6.1861 ble Marinedepartementet og Postdepartementet slått sammen til et nytt departement, Marine- og postdepartementet. Karantenevesenet ble samtidig lagt inn under Indredepartementet.