Mattilsynet ble opprettet som eget forvaltningsorgan ved kongelig resolusjon den 20. desember 2002, med virkning fra 1. januar 2003. Samtidig ble Joakim Lystad ansatt som administrerende direktør. Tilsynet ble administrativt underlagt Landbruksdepartementet. Mattilsynet ble etablert 1. januar 2004. Mattilsynet er en sammenslåing av Statens næringsmiddeltilsyn, Statens dyrehelsetilsyn, Statens landbrukstilsyn samt Fiskeridirektoratets sjømatkontroll og 89 kommunale næringsmiddeltilsyn, og er dermed en stor tilsynsmyndighet med svært vidtfavnende ansvarsområder. Mattilsynet forvalter matloven, dyrevelferdsloven, husdyravlsloven, dyrehelsepersonelloven, kosmetikkloven og planteforedlerloven.