Rundt 1960 ble det gjennomført omfattende endringer i arkivholdet i de fleste departementene. Bakgrunnen for dette var at flere av departementene skulle flytte inn i det nye regjeringsbygget og at arkivholdet da skulle moderniseres. Et ledd i dette arbeidet var etablering av ett sentralarkiv for departementet til erstatning for tidligere arkivhold på kontor- eller avdelingsnivå. Sentralarkivet ble bemannet med spesialisert arkivpersonale under en arkivleder, det ble ført felles journal og kopibok for hele departementet og saksarkivet ble ordnet etter arkivnøkkel som var utarbeidet med felles mal for hele statsforvaltningen. Selv om Samferdselsdepartementet ikke var blant de departementene som flyttet til den nye høyblokka for departementene, ble den nye sentrale arkivordningen også her innført på denne tiden, fra 1.1.1962. Sentralarkivet omfattet fra starten hele departementet med unntak av to direktorat som på den tiden var plasser ”innen” departementet: Luftfartsdirektoratet og Hotell- og turistdirektoratet. Disse direktoratene, som hadde eget arkivhold, ble for øvrig senere flyttet ut av departementet (se arkiv S-3443 Luftfartsverket og arkiv S-1364 Reiselivsdirektoratet). Samferdselsdepartementet har gjennomgått flere interne organisasjonsendringer, med nedleggelse og opprettelse av nye avdelinger og kontorer, i tiden etter at sentralarkiv ble innført. Ettersom sentralarkivet omfatter arkivholdet i hele departementet og sakarkivet er ordnet etter felles arkivnøkkel som ikke er knyttet til administrative enheter, får imidlertid slike organisasjonsendringer ikke innvirkning på arkivet. Derfor lar vi her være å gå nøyere inn på disse interne organisatoriske endringene. For samlet omtale av Samferdselsdepartementets historikk vises til vedlagt fil.