Mattilsynet ble opprettet ved sammenslåing av Statens landbrukstilsyn, Statens næringsmiddeltilsyn og Statens dyretilsyn. Fra 1.1.2004 overtok Mattilsynet ansvar og oppgaver fra disse tre organene, samt fra de kommunale næringsmiddeltilsynene og Fiskeridirektoratets sjømatkontroll. Ved oppstarten i 2004 hadde det nye organet 8 regionkontor og 64 distriktskontor spredt over hele landet. Tre av regionkontorene fungerte som nasjonale kompetansesentra - Fisk og sjømat (Bergen), Planter og vegetabilsk mat (Ås), Dyr og animalsk mat (Sandnes). Hovedkontoret i Oslo var ansvarlig for regelverksutvikling, tilsynspolitikk og overordnet koordinering av virksomheten. Statens dyretilsyn (1996-2003) ble opprettet i 1996 som overordnet organ for distriktsveterinærer og fylkesveterinærkontorer. Nedlagt 31.12.2003 ved sammenslåing inn i Mattilsynet.