Sosialdepartementet under krigen besto av Den alminnelige avdeling 1940-1945, Medisinaldirektoratet 1941-1945 og R-kontoret 1944-1945 (Kontoret for flyktninger og displaced persons). Den alminnelige avdeling hadde ansvaret for trygdelovgivningen. Bl.a. krevde de ekstraordinære forhold for sjøfolkene tillegg i lovene om syketrygd og om ulykkestrygd. Det ble opprettet trygdekontor i London og i New York som Den alminnelige avdeling fikk overordnet ansvar for. Til avdelingen lå videre ansvaret for beskjeftigelses- og arbeidsløshetsspørsmål. Medisinaldirektoratet ved direktør Karl Evang fulgte med regjeringen til Storbritannia sommeren 1940 og fortsatte sin virksomhet. Høsten 1941 ble det en del av Sosialdepartementet. Direktoratet overtok Medisinalavdelingens oppgaver samtidig som Medisinaldirektøren fikk ekspedisjonssjefs funksjoner og skulle legge sine saker direkte fram for statsråden. Allerede i 1940 hadde Medisinaldirektøren opprettet et underkontor i Washington, og i 1943 ble Medisinaldirektørens kontor i Stockholm opprettet. I 1944 ble Den Norske Relief-Central i Sverige innlemmet i dette kontoret. Medisinaldirektoratet arbeidet med å skaffe mat og medisiner til Norge i samarbeid med utenlandske hjelpeorganisasjoner (reliefarbeidet). Det forberedte den sivile medisinske forvaltning i Norge etter krigen. Direktoratet opprettet en rekke steder norske legekontorer, sykehus og rekonvalesenthjem. Direktoratet hadde ansvaret for at norske flyktninger i Sverige fikk en forsvarlig helsetjeneste. R-kontoret ble opprettet ved kgl.res. 21.7.1944 for å forberede hjemsendelse av flyktninger og displaced persons etter krigen. R-kontoret fikk ansvaret for å planlegge hjemsendelsen av norske fanger i Tyskland, norske flyktninger i Sverige og andre allierte land, sivile utlendinger i Norge og hjembringelse av nordmenn som var kommet bort fra hjemstedet innen Norges grenser.