Ny organisasjonsplan for Skattedirektoratet ble iverksatt våren 2000. Etter organisasjonsplanen styres ytre etat gjennom to linjer. Fastsettingsområdet, herunder arbeid med skatt, merverdiavgift, kontroll og folkeregistrering, har ansvaret for oppfølgingen av sentralskattekontorene, fylkesskatttekontorene og ligningskontorene og folkeregistrene, under ledelse av en områdedirektør. Fastsettingsområdet har tre avdelinger: Avdeling person, avdeling næring og avdeling for styring, utvikling og dokumentasjon. Innkrevingsområdet, herunder innkreving, økonomitjeneste og arveavgift, har ansvaret for oppfølging av skattefogdene. Administrasjonsavdelingen er tillagt ansvaret for direktoratets og etatens sentrale økonomifunksjon, overordnet personalpolitikk og -forvaltning samt organisasjons- og kompetanseutviklingsfunksjonen. IT-avdelingen har ansvaret for utvikling og drift av direktoratets og etatens datasystemer. Disse funksjonene er organisert som stab og underlagt skattedirektøren: Informasjon, internrevisjon, økonomisk kriminalitet og rettsutvikling/-analyse.