Forsvarsdepartementets vesentligste oppgaver var å bygge opp og samordne en norsk krigsmakt for fortsatt krigsdeltakelse og å forberede frigjøringen av Norge. Departementet gjennomgikk mange omorganiseringer. I 1941 besto det av Finansavdelingen, Hæravdelingen, Marineavdelingen, Flygeavdelingen og det selvstendige Etterretningskontoret. Særavdelingene for de tre våpengrenene ble avviklet i 1942 da en del av departementets rent fagmilitære gjøremål ble overført til Forsvarets overkommando. I stedet ble Alminnelig avdeling opprettet. Forsvarsdepartementets virksomhet i London ble avviklet i tidsrommet 1945-1946 gjennom et eget avviklingskontor.