Luftfartsverket har røtter tilbake til Forsvarsdepartementets luftfartsråd, opprettet i 1920. Dette gjennomgikk etter hvert flere navne- og organisasjonsendringer. Luftfartsdirektoratet ble i 1964 organisert som et frittstående direktorat under Samferdselsdepartementet og endret i 1978 navn til Luftfartsverket som en samlet etatsbetegnelse for direktoratet med ytre etater. På Agder har etaten vært knyttet til forvaltningen av Kjevik lufthavn, Kristiansand. Flyplassen her ble anlagt i slutten av 1930-årene. Fra 01.11.2001 ble Luftfartsverkets regioner redusert fra 11 til 5. Luftfartsverket Agder ble da nedlagt som egen region og innlemmet i den nye regionen Luftfartsverket Sørvest-Norge med administrasjonssted i Bergen.