Generaltollkammeret ble ved reskript 11.1.1760 utskilt fra Rentekammeret og fikk som arbeidsområde toll og konsumpsjon i Danmark, Norge og hertugdømmene, havne- og fyrvesen og saker som gjaldt Vestindia og Guinea. Kammeret var organisert på samme måte som Rentekammeret med tre deputerte og fire-fem kommitterte.Forholdet mellom Rentekammeret, Generaltollkammeret og Kommersekollegiet var noe flytende, og én eller flere deputerte var til tider felles for disse kollegiene. I Struensee-perioden 1771-1773 var alle tre samlet under Finanskollegiet. Generaltollkammerets forvaltningsområde var inndelt i tollkontorer etter geografiske kriterier med bl.a. et eget norsk tollkontor og et felles sekretariat. På 1500-tallet hadde fogdene i landdistriktene og byfogdene i byene hatt ansvaret for tolloppkrevingen, men utover på 1600-tallet utviklet det seg etter hvert en egen tolletat som ble underlagt Rentekammeret. Sønnafjelske tollsaker sorterte under sønnafjelske renteskriverkontor i tiden 1680-1694 og under sønnafjelske tollkontor i tiden 1694-1760, mens nordafjelske tollsaker sorterte under nordafjelske renteskriverkontor inntil 1720 og deretter under Bergverkskontoret fram til 1760. I 1763 ble konsumpsjonssakene samlet i et felles dansk/norsk konsumpsjonskontor i Generaltollkammeret. I 1768 ble kammerets sekretariat delt i et dansk, et norsk og et tysk sekretariat. I 1780 ble det felles konsumpsjonskontoret delt i et dansk og et norsk kontor. I 1791 ble de norske toll- og konsumpsjonssaker samlet i et sønnafjelsk og et nordafjelsk toll- og konsumpsjonskontor. Saker vedrørende havne-, fyr- og ringevesen sorterte under de ulike tollkontorer inntil de i 1798 ble samlet i Fyns toll- og konsumpsjonskontor som i 1804 ble omdannet til et eget kontor for havne- og fyrsaker. Kontoret hadde egne arkivserier for Norge.