Denne delen omfatter ikke Kanselliets opprinnelig arkiv i sin helhet: - Ved krigens slutt, første uka av mai 1945, skal det ha blitt forsøkt å brenne Kanselliets arkiv i slottets sentralfyr. Det er uklart hvor mye som da ble brent, men mange viktige dokumenter skal ha unngått å bli brent idet de ble oppbevart i Quslings bolig Gimle på Bygdøy. rekkene med både kopibøker og journaler er mangelfulle og der er mulig at dette skyldes at en del ble brent like før krigens slutt. - Ved rettsoppgjøret etter krigen ble en god del arkivmateriale fra ulike arkiv nyttet som bevismateriale i enkeltsaker og senere ikke blitt tilbakeført. Dette gjelder også materiale fra Kanselliets arkiv. Det vil for eksempel kunne finnes dokumenter fra Kanselliets arkiv i saken mot Utenriksavdelingens leder Finn Sofus Støren i Riksarkivets "Landssvikarkiv". - Deler av arkivmaterialet er i etterkrigstiden spredt på ulike hender. Dette gjaldt trolig for eksempel med en del arkivmateriale som var blitt beslaglagt av politiet i forberedelse av landssvikoppgjøret, men som likevel ikke ble nyttet som bevismateriale. Noe slikt materiale havnet for eksempel ved Historisk institutt, Universitetet i Oslo. Disse mappene ble for øvrig avlevert av prof. Magne Skodvin i 1990 og er senere holdt samlet i arkivet (boks 26 i Utenriksavdelingens arkiv). Det er mulig at deler av Kanselliets arkiv fortsatt er "på vidvanke". Under ordningen av arkivet har det vært vanskelig å rekonstruere den opprinnelig orden. Materialet er blitt såpass tilrotet at det har vært vanskelig å se hvordan det egentlig har sett ut. Det er likevel noe som synes klart angående ordningen av arkivet og vi har tilstrebet å gjenskape den orden i den grad dette har latt seg gjøre.