Arkivet dekker hovedsakelig tidsrommet 1940-1962. Enkelte mindre deler går tilbake til 1866. Arkivet består av protokollrekker og sakarkiv. 2. sjømannskontor førte ikke egen referatprotokoll. Referatene for kontoret finnes i referatprotokoll A for Handels- og industridepartementet, Alminnelig avdeling, 1939-1940, Sjøfartsdepartementets referatprotokoll S 1940-1944, deretter Næringsdepartementets referatprotokoll 1944-1945, videre Industridepartementet, Sjøfartsavdelingen, referatprotokoll 1945-1955 og til slutt Handelsdepartementet, Sjøfartsavdelingen, referatprotokoll 1955-1962. 2. sjømannskontor hadde felles kopibok Sa/Sb med 1. sjømannskontor i perioden 1939-1944. Fra juli 1945 til april 1962 hadde kontoret egen kopibok, kopibok Sb, mens 1. sjømannskontor hadde kopibok Sa. Tilsvarende fellesjournal Sa/Sb for 1. og 2. sjømannskontor i perioden 1942-1943, deretter journal Sb for 2. sjømannskontor og journal Sa for 1. sjømannskontor 1944-1962. Se 1. sjømannskontor, katalog 1261/21. Sakarkivet består av seriene forlis, krigsforlis, hyretvister, lånesaker og diverse. Forlissakene gjelder forpleining og hjemsendelse av forliste sjømenn og er kronologisk ordnet på år med opplysninger om skipsnavn. De eldste delene av denne serien stammer fra 1. sjømannskontor. Krigsforlisserien som i all hovedsak stammer fra Handelsdepartementet i London under krigen, omhandler forpleining og forsendelse av krigsforliste sjøfolk 1940-1945. Arkivaliene er ordnet etter løpenummer og skipsnavn. Hyretvistsakene er ordnet alfabetisk på skipsnavn med opplysning om år. De såkalte lånesakene gjelder lån til hvalfangere, selfangere og fangstmenn på Grønland i løpet av 2. verdenskrig, alt ordnet på fartøynavn med angivelse av tidsperiode. Diverseserien inneholder bl.a. eldre saker fra Indredepartementet om konvensjoner om undertøttelse av nødlidende sjøfolk og en serie konkurssaker alfabetisk ordnet på skipsnavn.