Arkivet inneholder saker fra 1731 (samt en kopi fra 1694) til 1940. I tillegg til selve festningens eller kommandantens arkiv fantes det til tider egne arkivsaker for underliggende organer ved festningen. Det gjelder i alle fall for auditøren, materialforvalteren samt garnisonsløytnanten og regnskapsføreren. Dels er arkivsakene sammenblandet med øvrige journalsaker og regnskapsdokumenter. En tilbakeføring til eventuell opprinnelig ordning lot set vanskelig gjøre ved ordningsarbeidet. Tidligere var deler av festningens arkiv fra før 1940 gradert. Etterretnings- og sikkerhetssaker mv. I 1986 nedgraderte Tromsø sjøforsvarsdistrikt sakene, slik at de ble tilgjengelig for innsyn.